Озеро Чукочье расположено на севере Колымской низменности, на левобережной стороне дельты реки Колыма. Его площадь составляет около 120 квадратных километров (иногда указывается другая цифра — 55,6 кв. км), а длина береговой линии достигает 62,7 километра. Берега покрыты тундровой растительностью, имеют умеренную изрезанность и местами заболочены. В северной части озера находятся большие мелководья.