Хакасский государственный природный заповедник расположен в Хакасии и был основан распоряжением российского правительства от 4 сентября 1999 года под номером 1004. Он создан путём объединения двух ранее существовавших заповедных зон: «Чазы», учреждённой постановлением Совета Министров РСФСР за номером 432 от 16 августа 1991 года, а также «Малого Абакана», появившегося в 1993 году.