В устье реки Нива на правом берегу в 1526 году появился храм, посвящённый Рождеству Иоанна Предтечи. Именно с этой местности, ныне известной как Нижняя Кандалакша, берёт начало город Кандалакша. За свою историю здание неоднократно реконструировалось. Рядом с церковью в 1548 году возник Кандалакшский монастырь. Однако в мае 1589-го храм вместе с монастырем и близлежащими крестьянскими домами подверглись нападению шведов, которые уничтожили имущество и убили около 450 местных жителей. Позже, в период между 1768 и 1801 годами, церковь была восстановлена на прежнем месте взамен обветшалого здания и вновь освящена в 1801-м. Службы проводились вплоть до 1940 года, после чего храм закрыли из-за проводившихся тогда антирелигиозных мероприятий.
